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“单细胞质控联盟”成立仪式 | 暨“单细胞质控研讨会”顺利召开
发布时间:2022-01-13 浏览次数:613
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2022 年 1 月 13 号,由苏州思萃免疫研究所主办,及智(苏州)医学技术公司协办,联合 10X Genomics、BD、 www.304.com、新格元、欧易生物、诺禾致源、百奥智汇,以及复旦附属金山医院、上海市仁济医院、上海市免疫学研究所的多位专家教授,共同发起的单细胞质控联盟成立仪式暨 2022 单细胞质控研讨会,在上海科学会堂思南楼圆满落幕。

本次研讨会围绕单细胞行业的现实痛点,以及未来单细胞行业发展趋势、数据产生过程中的诸多质控细节,进行了深入讨论。并邀请了科技服务公司的技术负责人、单细胞领域的顶尖专家学者进行发言和总结。

 会议现场照片 1


在本次会议上,上海市免疫学研究所所长苏冰老师先做致辞,苏老师提及了单细胞技术在免疫学研究领域的各种应用范畴,以及免疫细胞 Marker 的发展历程,希望各位同道以此次细胞质控研讨会为契机,将单细胞质控的各项指标逐渐形成行业标准,使单细胞行业更加健康的发展。


 会议现场照片 2


及智医学公司负责人程小涛作了单细胞行业的行业发展预测,首先总结了 2017 年以来的国内单细胞年样品数据总产出,预测 2022 年预计国内产出 10-12 万例单细胞数据,未来几年可能更多会应用于药物研发、农林、临床检测等领域。同时,结合自身多年的从业经验,指出,组织的丰富来源,悬液制备方法的多种多样,细胞捕获不均一,选择抽核方法还是悬液方法,以及空间转录组的肿瘤边界预测、单细胞售后服务等,均成为科技服务公司普遍面临的困难。因此,需要作为数据生产方的科研服务公司,以及拥有较多真实数据处理经验的研究团队,共同来将这些面临的困难总结、整理,形成行之有效的经验,为科研界做分享。

 会议现场照片 3


单细胞算法开发和应用专家 / 上海市免疫学研究所叶幼琼研究员做了单细胞及空间转录测序的质控的报告,她总结了目前单细胞质控中常用的批次矫正、双细胞检测等 115 个工具,并根据她之前的分析经验,指出不同组织、不同细胞类型、不同疾病状态等条件下,线粒体基因数的过滤设置也是极具个性化。在空间转录组的数据质控中,她提出过渡透化或者透化不当,会对空转数据影响比较大,并分享了她整理的空间转录组透化经验,以及组织内的空 spot 去除小工具,诸多算法、实验相关的干货细节得到了与会科服公司的一致认同。


 会议现场照片 4


在自由讨论环节, 参会的各企业代表人: 分别在各自的角度作了发言,总结如下:

1,单细胞质控中,比较关键的是从前期的样品采集开始,样品采集部位、运输条件、悬液制备方法(比如为了获得更好的解离效果而使用多种酶)、抽核方法、空间转录组的透化条件等,均对单细胞数据影响比较大。具有丰富的单细胞实验经验与数据分析经验的齐晶晶博士指出,以结直肠癌,胰腺癌为例,不同组织硬度不同,其所使用酶种类、浓度及消化时间均不同;此外,硬度大的组织需考虑细胞碎片对细胞捕获率的影响,以及产生的 Ambient RNA 对后续细胞注释时,Marker 基因污染的影响。专家顾问团成员,同时也是作为第一作者发表过 Nature 文章的伍宁波研究员指出,单细胞技术和流式技术还是有较大的区别,针对免疫细胞的单细胞项目,在样品量充足的情况下(如小鼠样品),可以先做流式鉴定,在做单细胞测序,两种技术结合起来可以挖掘到更真实准确的数据。与会的多位企业负责人也分享了某些特定组织类型的细胞捕获率不均一的问题,并指出这些类型的组织确实存在捕获率过低的现象,这一经验的分享,也同样再次得到了与会科服公司的认同!

 

2,在数据分析层面,邹欣研究员指出:单细胞批次矫正方法会对单细胞的后期分析影响比较大,矫正过渡会导致组间差异基因的丢失,因此不同组织批次矫正算法的选择,也是一个非常重要的细节。钟怡研究员分享了某种组织的某个特定 T 细胞亚群丢失的问题,此类研究也是作为一种超出目前免疫认知的单细胞数据现象,引起了与会专家的共鸣。

  

3,在单细胞质控联盟成立方面,与会专家、企业负责人共同表示,单细胞未来发展市场潜力巨大,但是确实由于组织异质性的问题,导致数据产出、数据分析面临较多难点。因此,现阶段仍然处于行业发展的早期阶段,需要科技服务公司,与专家顾问团共同分享实操经验。叶幼琼研究员尤其提出,专业的生物信息学开发人员,有责任开发更好的整合算法,将单细胞质控的细节囊括其中,为科研界做出切实的贡献!思萃免疫所负责人梁辉博士指出,单细胞质控的工作量巨大,思萃免疫所会全力支持单细胞质控联盟的成立与后续活动开展。

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  该次研讨会标志着“单细胞质控联盟”的成立,下一步联盟的专家团队会通过线上线下会议,汇总目前在分析过程中遇到的较多现实问题,与联盟成员的科技服务公司分享,通过密切交流,形成单细胞质控参考,使得单细胞用户能够更清晰的掌握样品信息,提升科技服务公司的项目成功率,并为用户提供更好的数据分析的解决方案。在“单细胞质控联盟”工作过程中形成的行业质控范围共识,通过行业经验、行业标准、科研论文等形式发布,为从事单细胞的企业和科研工作者的数据质控提供参考和依据。