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转录组 De novo 测序

技术简介

在所研究的物种不具备参考基因组时,通过 de novo 分析策略,转录组测序可以帮助研究人员快速获取该物种的 mRNA 序列,并预测可能的非编码 RNA。此外,在分析基因表达水平的同时,还可以获得 cSNP,从而提供全面的转录组信息。

永利304娱乐场优势

样本处理:超过 200 种样本的 RNA 抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;

文库构建:低至 200ng 起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;

质控管理:ISO9001 认证,Illumina CSPro 认证;

数据分析:开源算法与商业化软件保证拼接效果;全面的数据库注释;灵活的定制分析。

实验流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——polyA 富集——文库构建——测序——数据分析

样本要求

样本类型:total RNA

样本总量:≥2 μg

样本浓度:≥50 ng/ul

推荐数据量:≥6 Gb/ 样本

分析流程

转录组 Denovo 测序分析流程

转录组 Denovo 分析分类

案例展示

案例一

上海永利304娱乐场携手广东农业科学院对兜兰(Paphiopedilum)单独开花行为与简单重复序列标记的开发利用进行了深入的研究。兜兰是一种可以单独开花的长青类多年生植物,但是人们对其有关开花行为的基因组信息却知之甚少。通过 de novo 转录组测序服务对同色兜兰(Paphiopedilum concolor)、带叶兜兰(Paphiopedilum hirsutissimum)以及两个栽培品种进行了测序。通过测序,研究人员发现了一些与单独开花行为有关的转录因子。同时还找到了 20969 个可用于分子标记的 EST-SSR 以及 15137 个引物 SSR。该工作为人们对兜兰开花与花的发育的分子机制有了一定的了解。

参考文献

Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.

转录组 Denovo 测序案例一配图

图:主要调控机制示意图


案例二

上海永利304娱乐场携手安徽农业大学植保学院,使用 Illumina 测序平台对黄粉甲(Tenebrio molitor,一种鞘翅目昆虫)进行转录组测序,de novo 拼接获得了 35,363 条 unigenes,其中 18,820 条 unigenes 与 NR 蛋白质数据库中已注释的蛋白能够较好地匹配,GO 和 COG 被用于分析基因的潜在功能。终在黄粉甲触角转录组中鉴定出了 19 个 OBP 基因,12 个 CSP 基因,20 个 OR 基因,6 个 IR 基因,2 个 SNMP 基因。本研究是对黄粉甲触角进行转录组学研究,为深入研究鞘翅目嗅觉基因的功能奠定了坚实的基础。

参考文献 2

Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.

转录组 Denovo 测序案例二配图

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