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ceRNA 调控网络

Demo 结果

DEMO 结果

DEMO 结果 2

结果解读

通过展示不同基因的 ceRNA 的调控机制,从中挖掘出实验组与对照组不同类型的 ceRNA 机制,找到特异性的 ceRNA。线代表不同的 microRNA,蓝色为 mRNA,红色为 circRNA,绿色为 lncRNA。


ceRNA 调控网络介绍

建立了一个计算的机制来使 circRNA(lncRNA) 作为 ceRNA 来保护 mRNA 不受 miRNA 的降解。基于基因的表达值,通过回归模型分析以及种子序列的匹配的方法,建立 microRNA 的海绵吸附作用的调控网络。

分析要求

1、客户需要提供 microRNA 表达数据(可选),circRNA(lncRNA) 表达;

2、数据(必选),mRNA 表达数据(必选);

3、每组数据 3 个或 3 个以上生物学重复。

提供结果

1、图片文件(Network 图),包括 png、PDF 格式;

2、Cytocape 文件:可以 cytoscape 打开进行细节调整;

3、文本文件:基因之间 ceRNA 调控关系,调控分数,circRNA(lncRNA)microRNA,mRNA 核心调控关系的排序。


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